Pemilihan bahan memberi kesan ketara kepada kos pemesinan CNC. Bahan yang berbeza mempunyai tahap kerumitan, kekerasan dan ketersediaan yang berbeza-beza, yang secara langsung mempengaruhi proses pemesinan. Bahan biasa yang digunakan dalam pemesinan CNC termasuk logam (seperti aluminium, keluli, dan titanium), plastik dan komposit. Setiap jenis bahan memerlukan perkakas tertentu, parameter pemesinan dan masa pemprosesan, yang kesemuanya menyumbang kepada kos akhir.